Në kohën kur komunizmi shqiptar i shpalli luftë Zotit, bashke me rrënimin e objekteve të kultit, u rrezikua të zhduket edhe një thesar tjetër i artit bizantin, ikonat.
Në atë periudhë të euforisë së ateizmit shtetëror, një bizantolog shqiptar si Theofan Popa dhe një historiane arti, Viktori Puzanova, rusja e larguar nga vendi saj për shkak te komunizmit, morën nismën për të ruajtur këtë lloj arti dhe trashëgimie, që vinin tek ne nga penelat e Onufrit, David Selenicës, Vëllezërve Zografi dhe shume ikonografë të tjerë shqiptarë.
Me argumente shkencorë dhe artistikë, Popa dhe Puzanova, bindën drejtuesit e regjimit se pavarësisht se gjendeshin në objekte kulti, ikonografia para së gjithash është art. Fatmirësisht regjimi u bind. Në gjithë Shqipërinë, kryesisht në atë të jugut dhe në juglindje, filluan ekspeditat e shpëtimit të ikonave.
Pavarësisht se në gjendje të dëmtuar, nga objektet e kultit ortodoks u bë e mundur të grumbulloheshin rreth 6 mijë objekte.
Fillimisht u grumbulluan në Tiranë në Institutin e Monumenteve të kulturës.
Pasi u bë iventarizimi dhe kartelizimi i tyre, lindi nevoja për të krijuar një muzeum, unikal ky jo vetëm në Shqipëri, por dhe në Ballkan, ku krahas ekspozimit, do te kryej dhe studimi dhe restaurimi i këtyre objekteve.
Drejtoresha e Muzeut Kombëtar Fjoralba Prifti tregon se perse u zgjodh Korça për ngritjen e këtij muzeumi.
Viti 1980 shënon dhe kohën kur është hapur muzeumi i quajtur atëherë ” Muzeu i Kulturës së Mesjetës”. Fillimisht si muzeum u përshtat një ndërtesë kishe, pranë mitropolisë së Korçës. Aty u kryen dhe restaurimet e para. Sipas përgjegjësit te laboratorit Genti Proko, dëmtimi i ikonave ishte i madh, por specialistë restauratore nuk kishte.
Dhe vit pas viti, u krijua dhe grupi i parë i restauratorëve shqiptarë. Pas viteve 1990, restauratorët u specializuan dhe ne vende të tjera, kryesisht në Greqi.
Zhvendosja e muzeumit në një ndërtesë të re me kushte bashkëkohore, krijoi dhe mundësinë e ekspozimit të këtij thesari që vjen nga periudha bizantine.
Një fond prej 400 ikonash të mjeshtreve të mëdhenj si Onufri, Selenica, Shpataraku, Zografi, Jeremonaku, qëndrojnë në një ekspozitë të përhershme, ndërkohë qe herë pas here organizohen dhe ekspozita të veçanta me publikime të reja fondi i muzeut.
Muzeumi Kombëtar i Artit Mesjetar, vazhdon të mbetet një nga objektet më të vizituara jo vetëm nga të huajt, por dhe nga shqiptarët. Gjatë vitit te kaluar ka pasur mbi 25 mije vizitorë.
